Kursus yang diselenggarkan oleh Institut Karmel Indonesia ditujukan bagi kaum awam maupun kaum religius dalam bidang-bidang tertentu. Kursus-kursus ini biasanya dilakukan untuk jangka waktu yang relatif panjang dan dilakukan secara intensif. Untuk menjamin mutu kursus-kursus dalam bidang teologi dan spiritualitas yang diadakan, Institut Karmel Indonesia selalu melibatkan tim yang anggota-anggotanya memiliki latar belakang akademis dan pengalaman yang mumpuni.
Institut Karmel Indonesia menawarkan berbagai program kursus, antara lain:
- Kursus Kepemmimpinan Religius
- Kursus Pembimbingan Rohani
- Kursus Spiritualitas Kristiani dan Karmel
- Kursus Dialog Antaragama
- Kursus Dialog Budaya, Agama, dan Spiritualitas
- Kursus Capita Selecta Kitab Suci
